Avant la création de RFF les contributions de l'état et les engagements de trafic faisaient l'objet d'un contrat de plan d'une durée de cinq ans, négocié entre la tutelle (ministères) et la direction de la SNCF.

La signature de ces contrats faisaient parfois l'objet de conflits entre la puissance publique et les cheminots à propos du montant des compensations financières accordées par Ics gouvernements.

Ces contrats n'étaient que partiellement respectés, et les retards accumulés par l'état dans ses contributions et investissements accroissaient le déficit et pouvaient conduire à affaiblir la qualité et la sécurité des trafics. Depuis 1995, il n'y a plus de contrat de plan et c'est RFF qui sert de paravent aux ministères de tutelle sur les questions financières. Pour le reste, c'est le CIES (Comité Interministériel des Investissements à caractère Economique et Social) qui arbitre annuellement les autorisations d'emprunts de la SNCF; (notamment pour l'achat de nouveaux matériels). Du coup, les relations financières avec l'état deviennent particulièrement opaques et certaines contributions ont tendance à diminuer sans aucun débat public.

Dans les conditions actuelles de concurrence avec la route, la rentabilité ferroviaire est insuffisante pour assurer son développement. L'état compense partiellement cette inégalité en versant une "contribution annuelle aux charges d'infrastructures" pour l'entretien du réseau. Cette contribution a été transférée à RFF au moment de la réforme. Penser que les péages versés par la SNCF à RFF pourraient annuler ou réduire cette somme est totalement illusoire.

Dans les années qui ont précédé la création de RFF, la direction de la SNCF n'avait de cesse de réclamer une augmentation de cette contribution de l'état pour faire face aux besoins d'entretien et de régénération de la voie. De 1994 à 1996, Francis Taillanter, alors directeur du Transport, chiffrait à "au moins 14 GF" (au lieu des12 versés à l'époque), les aides publiques nécessaires au maintien du niveau de sécurité sur le réseau pour une qualité constante.

Au moment du partage, cette contribution a été diminuée de 800 millions, au prétexte qu'une part revenait à la SNCF pour l'entretien de ses gares... Mais elle n'a jamais, été réévaluée depuis, RFF n'exigeant rien de l'état [il a été créé pour ça]. Le propriétaire des infrastructures (RFF) se tourne exclusivement vers la SNC:F pour diminuer le niveau de la convention qui lie les deux établissements publics pour l'entretien et la gestion du réseau. La SNCF; est contrainte d'adapter ses effectifs budgétaires à l'Equipement et au Transport- Circulation en fonction de cette convention.

Cinq ans après la création de RFF, les rapports entre les deux établissements publics, SNCF et RFF sont toujours tendus et ne prennent pas le chemin de l'apaisement. Cela tient aux rapports marchands qui existent entre les deux EPIC: (établissement public à caractère industriel et commercial). La dette qui pèse sur RFF l'incite à exiger toujours plus de la SNCF. RFF essaye d'équilibrer la rémunération qu'il verse à la SNCF pour l'entretien du réseau en augmentant les péages d'infrastructure.

Cette situation donne lieu à un marchandage indigne du service public. Pour le budget 2002, les ministres des Transports, du Budget et des Finances, ont co-signé une lettre au président Gallois stipulant que, s'il n'acceptait pas une nouvelle augmentation des péages, RFF serait contraint de diminuer encore la convention de gestion pour l'entretien du réseau. Ainsi, loin d'éclaircir les relations entre l'état et la SNCF, et RFF sert d'écran de fumée entre la tutelle et l'entreprise publique. Une tuyauterie invraisemblable fait circuler les flux financiers dans un sens et dans l'autre sans que les plus hauts technocrates du ministère des Finances soient en mesure de justifier les réalités économiques que ces flux recouvrent réellement. Dans certains cas, les aides publiques progressent ou diminuent sans aucune justification. C'est notamment le cas de l'aide au développement du transport combiné qui, en une dizaine d'année, n'aura jamais fait l'objet d'une affectation claire dans le budget du fret SNCF

Les divergences d'intérêt entre la SNCF et RFF existent aussi en matière d'investissements y compris quand cela concerne la sécurité. De tels désaccords sur les zones à équiper en KVB (contrôle de vitesse par balise)ont entraîné la démission du Directeur de l'Infrastructure de la SNCF en 1999. Actuellement conseiller du Président Gallois, il déclare à propos du 20e anniversaire du TGV "Aujourd'hui, du fait de la séparation entre infrastructure et entreprise ferroviaire, on aurait beaucoup de mal à recréer la solidarité autour un tel projet "-"La Vie du Rail" du 10 octobre 2001.

le partage des installations entre RFF et la SNCF est toujours l'objet de contestations. À la vitesse où sont traités les contentieux, on devrait avoir fini de les régler en 2035! Pour l'anecdote, des travaux à mener sur des gaines de ventilation renvoient à la question de savoir à qui appartient l'air pour savoir qui, de la SNC:F ou de RFF, doit payer les travaux. Quand le partage est réalisé, il crée des situations toutes aussi absurdes. Ainsi, dans les gares, la SNCF finance la remise en état des quais transversaux (qui lui appartiennent), mais la rénovation des quais longitudinaux et des marquises les recouvrant, appartient à RFF... qui ne voit pas l'intérêt de financer les opérations au même moment.