Lors des opérations lourdes de régénération d'infrastructure, la SNCF étudie le phasage des travaux afin de maintenir un maximum de circulations hors la pression économique des péages. Certains trains sont néanmoins supprimés. A l'avenir qui supportera les conséquences financières d'une telle décision lorsqu'il faudra faire circuler moins de TER pour assurer les travaux : RFF ou la SNCF ?

Déjà les régions rechignent. "La région fait le travail de RFF, établissement public tellement endetté qu'il ne peut pas investir, elle modernise, va payer... et en échange, elle versera à RFF des péages encore plus importants !" déclarait récemment le président du conseil régional Nord Pas-de-Calais à "la Vie du Rail".

La question de l'attribution des sillons (une portion de ligne pour un temps donné) est encore plus délicate. Un train qui roule à faible vitesse et s'arrête souvent est plus "gourmand" en sillon qu'un train rapide direct.

Selon les directives européennes, c'est un organisme de répartition des capacités (ORC) indépendant de l'entreprise ferroviaire qui doit recevoir et instruire les demandes de sillons. RFF réclame ce pouvoir. La CFDT s'y oppose.

Le propriétaire des infrastructures, lourdement endetté, vendra les sillons au plus offrant. De plus, pour avoir une bonne connaissance des sillons disponibles RFF demande le transfert des horairistes en son sein. Une mesure qui affaiblirait les capacités de la SNCF à assurer la gestion de l'infrastructure et des circulations en toute sécurité.